César Acuña Peralta, durante su trayectoria académica, fue objeto de diversos Reconocimientos y Distinciones, entre las que destacan:

- Miembro del Colegio de Doctores en Educación del Perú.

- Miembro de la Red Latinoamericana de Líderes Universitarios, Universidad de Harvard.

- Reconocido como el mejor Ingeniero de la Libertad; distinción otorgada por el Colegio de Ingenieros filial La Libertad y como el Ingeniero Químico más destacado de la década 1990 - 2000, otorgado por el Colegio de Ingenieros del Perú.

- Reconocido como Empresario del año en el 2003 por la Cámara de Comercio de la Libertad en virtud a su responsabilidad social.

-La Asamblea Nacional de Rectores (ANR) y el Colegio de Periodistas del Perú lo calificaron como el Mejor Rector del 2003.

- Recibió el Premio Iberoamericano a la Excelencia Educativa en Punta del Este, Uruguay y en el Día del Maestro -6 de Julio del 2005- fue distinguido por el Gobierno Regional de La Libertad, por ser el promotor educativo más destacado de los últimos 25 años.

- Condecorado como el Hombre del Año 2006, por la Organización Business Top Perú, a propuesta por el Movimiento Independiente Salvemos Trujillo por lo que se le impuso la medalla de oro de la Orden Gran Chimor, otorgada por su liderazgo y sensibilidad.

- Distinguido como "Patriarca de la Educación" por el Consejo Iberoamericano en Honor a la Calidad Educativa (CIHCE), por su contribución a la educación peruana.